La iglesia de San Miguel se cree que tienen sus cimientos sobre una antigua mezquita de los terrenos del Arrabal Norte islámico, destacado barrio árabe en el que había almunias y casas de recreo de las clases adineradas musulmanas.
Como la mayoría de los templos antiguos de la ciudad han sufrido una serie de contingencias hasta llegar a su estado actual, como primera cita referida expresamente a la Iglesia de San Miguel en un documento del clérigo Thomás de 1212, por lo que al menos podría pensarse en esa fecha como la existencia del primer templo.
Siguiendo en 1265 cuando se decidió que habría que reconstruirla dado el peligro de derrumbe que se estaba evidenciando, pero hasta el año 1627 no vuelve a tenerse noticias indicando que se empezaron a construir los cimientos del nuevo templo.
Ya en 1651 se dispone de otra cita indicando que tras la inundación de San Calixto de 1651 de la edificación que se estaba reconstruyendo se derrumbaron parte de las obras que se estaban terminando, y en 1712 se inauguró tras colocar en el Altar Mayor la imagen del San Miguel realizada por Nicolás Salzillo (padre de Francisco Salzillo).
De nuevo en 1864 se produjo nuevamente otro derrumbe el de la torre del templo debido a las filtraciones procedentes de la próxima Acequia Mayor Aljufia , para reabrirla finalmente en 1879 al acabarse la reconstrucción de la misma.
Retablo del Altar Mayor obra de Jacinto Perales
El Arcángel San Miguel presidiendo el Altar Mayor obra de Nicolás Salzillo
Panorámica de la nave central
Detalle en que se puede observar el Altar Mayor y el crucero restaurado
Cúpula del templo
Coro de la iglesia
Órgano neobarroco en caja de roble, con 19 registros repartidos en 1337 tubos, dos teclados y pedalero, obra del maestro Fréderic Desmottes
Para finalizar se describe a continuación algunas de las obras de arte más célebres, salida del genio de los autores que se citan contenidas en la Iglesia de San Miguel.
Sagrada Familia de Francisco Salzillo
Inmaculada de Francisco Salzillo
Cristo con la Cruz de Roque López
Cristo de la Misericordia de Fray Domingo Beltrán
Estatua de San Miguel Arcángel que corona la fachada de la iglesia